憧れの「神威大門統合学園」への転入を果たした瀬名アラタ。希望に燃えて神威島に降り立ったその日、アラタは同じく転入してきた星原ヒカルと出会う。同じクラスになったアラタとヒカルは、担任の美都玲奈によってクラスに紹介される。ところが、アラタはクラス全体に独特の緊張感が漂っているのを感じていた。学園の規則を教えるという玲奈に、特別エリアへと連れて行かれるアラタとヒカル。そこで、２人が目にしたものは、想像を超える壮大な“LBXバトル”であった！！