世界各地でゴーストジャックを巻き起こすミゼルに対抗するため、山野博士は究極のプロトタイプLBX「AX-000」の可能性を明らかにする。かつてイノベーターに誘拐された山野博士が研究所で密かに設計したというAX-000。開発が実現すると、現存するLBXを遥かに凌ぐ性能を発揮するという山野博士の言葉に、バンをはじめメンバーは希望を抱く。そして、山野博士は、ヒロやラン、アスカなどイノベーター事件の事を知らないメンバーに、事件の真相を語り始める――。