エゼルダームのシャーロットに呼びだされたアラタが屋上に向かうと、そこに現れたのはなぜか伊丹キョウジだった。セカンドワールドの真実を知るためにもエゼルダームに来いとスカウトを受けるアラタ。しかし、ジェノックの仲間と強い絆で結ばれたアラタにとって、他の仮想国への移籍など考えられない。その頃、サクヤとタケルは、ジンの依頼によってある新機体の開発にとりかかっていた――。