神様を信じない高校生『上終瓜生』。身寄りがなく養護施設で育った瓜生だが、ある日里親候補が見つかる。京都大学医学部を目指す瓜生は、これで落ち着いて勉強ができると喜ぶが、引き取り先はなんと神社だった。しかもそこには『甘神夜重』『甘神夕奈』『甘神朝姫』という自分と同年代で、個性的だが可愛らしい巫女の三姉妹も暮らしていた。瓜生は突然始まった巫女三姉妹たちとの共同生活に振り回されることになる。