ついに大消滅が起きると定められた2001年2月4日が来てしまった。たった一人で最後の抵抗を試みる竜也だが、歴史という巨大な敵の前には為す術もなかった。その頃、31世紀の時間保護局で隔離されていたユウリ達は、竜也のいる21世紀への脱走を試みていた。だが、その前にリュウヤ隊長が立ち塞がる！ 前回：Case File 49「千年を越えて」