チーム三つ巴の戦い。エクリプスのクリプス博士とSTORMシャルルマーニュ、そしてコアテックのチェイスたちの、モンスーノ大バトルがはじまる。しかし、クリプス博士は、地下にかくしていた巨大な空中要塞をこのバトルに投入する。その要塞は、モンスーノＤＮＡと隕石の破片を混合させるエネルギー装置「モンスーノ・フュージョン・コア・リアクター」と呼ばれる、強いモンスーノエナジーで動いていた。STORMの巨大戦艦エプシロンの力をも超える、新しいエクリプスの空中要塞。その要塞の巨大ビーム兵器の攻撃に、モンスーノたちは耐えることができるのか？